گلزنترین هافبک فوتبال کشورمان نخستین بازی ملی اش را همانند دایی در 16/3/1372 برابر پاکستان در جام اکو برگزار کرد، دیداری که با برتری 5 بر صفر ایران به پایان رسید. کریم باقری همچنین در آن دیدار نخستین گل ملی اش را در حالیکه تنها 19 سال و 106 روز سن داشت، به ثمر رساند.

وی پس از هشت سال و 5 ماه و 9 روز (3079 روز) حضور خود در تیم ملی و ثبت رکورد 80 بازی و 47 گل ملی برای خود، بعد از آخرین دیدار ایران در مرحله مقدماتی جام جهانی 2002 (مسابقه برگشت ایران با ایرلند در مرحله پلی آف جام جهانی) در روز 24 آبانماه سال 1380 و در حالیکه 27 سال و 268 روز سن داشت، در کمال تعجب تصمیم گرفت خداحافظی زودهنگامی با فوتبال ملی داشته باشد.

زیدان فوتبال آسیا، پس از شش سال و یازده ماه و 24 روز(2549) دوری از تیم ملی بالاخره تصمیم گرفت به فوتبال ملی بازگردد و در دیدار دوستانه ایران برابر قطر در تاریخ 19 آبانماه 1387 برای تیم کشورمان به میدان رفت.

مطمئنا اگر باقری به بازی های ملی اش ادامه می داد می توانست از نظر بازی و گل ملی در جایگاه های بالای رده بندی های آماری جهانی قرار بگیرد زیرا در آن سال ها میانگین گل زده اش در هر بازی معدل 0/59 گل در هر بازی بوده است.

وی در دوران بازیگری اش در تیم های تراکتورسازی تبریز، کشاورز تهران، پرسپولیس تهران، آرمینیا بیله‌فلد آلمان، النصر امارات، چارلتون انگلیس، السد قطر و پرسپولیس تهران به میدان رفت.